Klubi i Kukësit nuk është i përqendruar vetëm në ekipin e parë, pasi rëndësi i kushtohet edhe ekipit B dhe ekipeve të moshave. Në kuadër të fillimit të përgatitjeve për sezonin e ri njëkohësisht me ekipin e parë kanë nisur punën edhe Kukësi B dhe ekipet e moshave U-17 dhe U-19.
Kukësi B do të vazhdojë të drejtohet nga trajneri Edmond Dalipi. Numri një i pankinës ka nisur edhe përzgjedhjen e lojtarëve që do të jenë pjesë e këtij ekipi. Ekipi B e mbylli sezonin në Kategorinë e Dytë, ndërsa sivjet synon ngjitjen në Kategorinë e Parë.
Ekipet e moshave U-17 dhe U-19 do të drejtohen nga trajneri Agim Belaj dhe Gëzim Shehu. Belaj ka nisur punën me 17-vjeçarët e Kukësit, ndërsa Shehu me 19-vjeçarët. Të dy do të punojnë që të përfaqësohen sa më mirë në Superligën e moshave dhe sigurisht në rritjen e elementit cilësorë për ekipin e parë.