Akademia e klubit të F.K. Kukësit vazhdon punën me ritme të larta. Ekipi U-17 dhe U-19 stërviten çdo ditë në qytetin e Kukësit nën drejtimin e trajnerëve të tyre. Për skuadrën U-17 në krye të ekipit është Agim Bela, ndërsa për ekipin U-19 është Gëzim Shehu.
Klubi ka një vëmendje mjaft të madhe në këto dy ekipe dhe po i plotëson të gjitha kushtet në mënyrë që të promovojë sa më shumë talentët e rinj të qytetit. Pas ngjitjes në Superligën e moshave, objektivat janë të qarta për të dy ekipet, promovimi i sa më shumë talenteve të rinj dhe fitimi i trofeve.